V nadväznosti na zavedenie tzv. čiastkových protokolov daňový úrad vráti časť nadmerného odpočtu pred skončením daňovej kontroly vo výške uvedenej v čiastkovom protokole, a to do desiatich dní odo dňa odoslania čiastkového protokolu (§ 79 ods. 7). Po skončení daňovej kontroly nadmerného odpočtu, keď kontrola môže byť vo všeobecnosti podľa daňového poriadku najviac 1 rok, vráti daňový úrad rozdiel medzi nadmerným odpočtom vo výške zistenej kontrolou v protokole a nadmerným odpočtom už vráteným na základe čiastkového protokolu (§ 79 ods. 6).