Ak správca dane začne daňovú kontrolu, v praxi často dochádza k tomu, že počas výkonu daňovej kontroly ju správca dane preruší. Daňová kontrola je forma daňového konania, ktoré môže byť prerušené správcom dane podľa § 61 ods. 1 písm. b) daňového poriadku, ak sa začalo konanie o inej skutočnosti rozhodujúcej na vydanie rozhodnutia alebo je potrebné získať informácie spôsobom podľa osobitného predpisu – ide o medzinárodnú výmenu informácií. Častým dôvodom prerušenia daňovej kontroly býva práve medzinárodná výmena informácií, t.j. náš správca dane požiada správcu dane iného členského štátu o informácie, ktoré sú potrebné pre výkon daňovej kontroly.
Počas prerušenia daňovej kontroly nemôže správca dane a ani dožiadaný správca dane vykonávať žiadne úkony v súvislosti s prerušenou daňovou kontrolou. Skutočnosť, že je daňová kontrola prerušená, správca dane oznámi aj dožiadaným správcom dane, ktorých požiadal o vykonanie miestneho zisťovania alebo iných úkonov v súvislosti s touto daňovou kontrolou. Ak dožiadaný správca dane vykoná v tomto čase nejaké úkony, sú tieto právne neúčinné a musí tieto úkony vykonať opäť v čase, keď mu správca dane oznámi ukončenie prerušenia kontroly. Správca dane nemôže rovnako vykonávať žiadne úkony vo vzťahu k daňovému subjektu v súvislosti s prerušenou daňovou kontrolou. Zároveň pri prerušení daňovej kontroly sú prerušené aj všetky lehoty, ktoré upravuje daňový poriadok, t.j. neplynie lehota na výkon daňovej kontroly a ani lehota zániku práva vyrubiť daň. Tieto lehoty začínajú plynúť až po ukončení prerušeného konania. Správca dane môže prerušiť daňové konanie najdlhšie na 30 dní, ak to z dôležitých dôvodov zhodne navrhnú účastníci daňového konania, túto lehotu môže správa dane predĺžiť na nevyhnutný čas. Znamená to, že pokiaľ správca dane nezíska žiadané informácie, daňová kontrola je prerušená a nie je zákonom stanovená doba na aký dlhý čas. Správca dane následne pokračuje v daňovom konaní z vlastného podnetu alebo na podnet účastníka daňového konania, ak pominuli dôvody, pre ktoré sa konanie prerušilo. Správca dane oznámi kontrolovanému daňovému subjektu pokračovanie daňovej kontroly.
Ak má kontrolovaný daňový subjekt záujem o informáciu o sebe aj počas prerušenia daňovej kontroly, má možnosť nahliadnuť do svojho spisu aj počas prerušenia daňovej kontroly podľa § 23 daňového poriadku. Daňový subjekt môže nahliadnuť do svojho spisu kedykoľvek, keď o to požiada správcu dane. Správca dane ukladá do tohto spisu všetok spisový materiál týkajúci sa daňových povinností daňového subjektu ako sú daňové priznania, hlásenia, prehľady, výkazy, ktoré je daňový subjekt povinný podať podľa osobitných predpisov, potom rôzne podania, ako je napr. splnomocnenie na zastupovanie, zápisnice o ústnom pojednávaní a miestnom zisťovaní, úradné záznamy, dokumenty vyhotovené v súvislosti s daňovou kontrolou, písomné rozhodnutia správcu dane a nadriadeného orgánu a iné písomnosti týkajúce sa jeho daňových povinností. Daňový subjekt alebo jeho zástupca nemôže nahliadnuť do písomností, ktoré obsahujú utajované skutočnosti podľa zákona č. 215/2004 Z.z. o ochrane utajovaných skutočností a do dokumentov, sprístupnením ktorých by boli dotknuté právom chránené záujmy iných osôb – t.j. iných daňových subjektov v súvislosti s daňovou kontrolou. Ak ide o informácie týkajúce sa daňových povinností subjektu, ktoré majú vplyv na výsledok daňovej kontroly, správca dane tieto informácie sprístupní daňovému subjektu a uvedie ich aj v protokole o daňovej kontrole. Do spisu daňového subjektu budú založené aj písomností v súvislosti s prerušenou daňovou kontrolou na základe ktorých sa vykonáva dožiadanie od iného správcu dane podľa § 21 daňového poriadku alebo dožiadanie v rámci medzinárodnej výmeny informácii až však po ich vyhodnotení a posúdení, či sú dôkazom k zisteniam správcu dane alebo nie. Zároveň správca dane je povinný oboznámiť kontrolovaný daňový subjekt o výsledkoch dožiadaní v takom časovom predstihu, aby daňový subjekt mohol využiť právo podľa § 45 ods. 1 písm. c) a f) daňového poriadku a predložiť dôkazy preukazujúce jeho tvrdenia a vyjadrovať sa k nim v priebehu daňovej kontroly.