V súvislosti s možnosťou vrátenia časti nadmerného odpočtu pred ukončením daňovej kontroly sa zaviedol nový § 47a – Čiastkový protokol, ktorý môže počas daňovej kontroly správca dane vyhotoviť, ak kontrolovaný daňový subjekt nie je zverejnený v zozname platiteľov dane z pridanej hodnoty podľa § 52 ods. 6 (zoznam platiteľov, u ktorých nastali dôvody na zrušenie registrácie) alebo ak sa daňová kontrola nevykonáva na základe požiadania orgánov činných v trestnom konaní.
V rámci § 52 – Zverejňovanie zoznamov sa ustanovenie dopĺňa o odsek 9, podľa ktorého Ministerstvo na základe údajov z verejnej časti registra účtovných závierok na svojom webovom sídle zverejňuje zoznam daňových subjektov s výškou ich splatnej dane usporiadaný podľa výšky dane zostupne. V zozname sa uvedie obchodné meno alebo názov právnickej osoby, jej sídlo, identifikačné číslo a výška splatnej dane.
Platiteľa dane z pridanej hodnoty, ktorý je zverejnený v zozname podľa ods. 6, finančné riaditeľstvo vymaže z tohto zoznamu, ak odpadli dôvody, na základe ktorých bol v tomto zozname zverejnený a súčasne v období šiestich (bolo 12) kalendárnych mesiacov platiteľ dane neporušil povinnosti pri daňovej kontrole, neporušil povinnosť podať daňové priznanie alebo kontrolný výkaz ani povinnosť zaplatiť vlastnú daňovú povinnosť a iné v súlade s § 52 ods. 7.
Upravilo sa znenie § 55 ods. 6 a 7 týkajúce sa poradia použitia neoznačenej platby daňového subjektu, kedy správca dane neoznačenú platbu daňového subjektu použije v tomto poradí:
a) na úhradu daňovej pohľadávky na dani, na ktorú bola platba určená, s najstarším dátumom splatnosti v čase prijatia platby,
b) na úhradu daňového nedoplatku na dani, na ktorú bola platba určená, s najstarším dátumom splatnosti v čase prijatia platby,
c) na úhradu splatného preddavku na daň, na ktorú bola platba určená, s najstarším dátumom splatnosti v čase prijatia platby,
d) na úhradu exekučných nákladov a hotových výdavkov, daňovej pohľadávky na inej dani, daňového nedoplatku na inej dani, splatného preddavku na daň na inej dani, nedoplatku na cle a nedoplatku na iných platbách s najstarším dátumom splatnosti v čase prijatia platby.
Podľa § 55 ods. 7, ak v čase prijatia platby dane existuje viacero daňových pohľadávok, daňových nedoplatkov, splatných preddavkov na daň, exekučných nákladov, hotových výdavkov a nedoplatkov na iných platbách s rovnakým dátumom splatnosti, prijatá platba sa použije na ich úhradu podľa ods. 6 v poradí podľa ich výšky vzostupne. Ak nemožno použiť platbu podľa ods. 6,možno túto platbu použiť na kompenzáciu daňového nedoplatku, splatného preddavku na daň, nedoplatku na cle a nedoplatku na iných platbách u iného správcu dane, ktorým je daňový úrad alebo colný úrad.